O Campus da Auga está estructurado en dous clústeres de I+D que aglutinan as súas áreas de especialización de xeito coherente

Clúster 1
Aglutina as áreas de especialización de alimentación, medioambiente e TIC.
Clúster 2
Aglutina as áreas de especialización de xestión do recurso auga, innovación social e educativa, TIC e turismo-patrimonio cultural.

 
A transversalidade das TIC fai que os grupos de investigación desta área podan participar en ambos clústeres. Por outra banda, ademáis de realizar investigación específica, os grupos de investigación de TIC poderían realizar investigación en apoio ás demáis áreas de especialización.

Os clústeres de I+D, que aglutinan as áreas de especialización do Campus da Auga, baseanse en afinidades temáticas entre as diferentes áreas de especialización.