El Campus da Auga está estructurado en 2 clústeres de I+D que aglutinan sus áreas de especialización de forma coherente

Clúster 1
Aglutina las áreas de especialización de alimentación, medioambiente y TIC.
Clúster 2
Aglutina las áreas de especialización de gestión del recurso agua, innovación social y educativa, TIC y turismo-patrimonio cultural.

 
La transversalidad de las TIC hace que los grupos de investigación de esta área puedan participar en ambos clústeres. Por otra parte, además de realizar investigación específica, los grupos de investigación de TIC podrían realizar investigación en apoyo a las demás áreas de especialización.

Los clústeres de I+D, que aglutinan las áreas de especialización del Campus da Auga, se basan en afinidades temáticas entre las diferentes áreas de especialización.